臭氧发生器是一种十分先进的产品，但仍存在着由于使用不当、维护不好、材质更换等原因而导致危险的可能。危险的来源有：氧气、臭氧、机械为线、电及空气压力等，其中氧气和臭氧优易引起危险。

但臭氧用作原料气时，由于其有助燃并加速燃烧的特性（尤其当空气中含量>25%体积），因此如果通风不好、设备内部或外部管线泄漏、或打开含氧系统都可能使氧浓度上升至危险的水平。氧浓度升高增加了火警危险。为此，特别禁止明火，不准使用油布，与氧接触设备不要与油和黄油接触。

臭氧是一种有毒、有腐蚀性的气体，它能加剧燃烧，比空气和氧气重（可在地面、狭道内积集），辛辣且不稳定。下面是各种浓度下臭氧会产生的人体反应。因此，必须对使用和维护人员进行专门培训；限制其他人员进入“臭氧区域”，并悬挂警告牌；提供充足的通风，表明逃生通道；在出现危险时能实现紧急停车；现场要备合适的呼吸起居；对所有可能有臭氧的场所进行环境监测。