由于水箱内的水温一直都保持在高温的状态，这样会使水中的碳氢根与钙镁离子相结合，形成了不溶于水的碳酸钙和碳酸镁，也就是水碱。然后随着水分的不断蒸发和浓缩，水碱的含量就会不断地增加，达到饱和的状态就会形成水垢。添加浓度较高的钙镁离子纯净水回避普通自来水更容易形成水垢。水箱水垢的清洗方法有人工清理法，把水箱拆下来，用人工锤、铲等来清除水垢，这样做除垢的效率很低、劳动的强度也很大，还不容易清除干净，会造成水箱的二次污染。普通水垢清洗剂也是一种方法，需将水箱拆卸，清除的不彻底，腐蚀性也很强，容易造成水箱老化，缩短水箱的使用寿命。专业汽车水箱除垢剂是有效的一种方法，不需要拆卸，可在不停车的状态下清洗。直接用专用的水垢清洗剂倒入汽车水循环系统中，浸泡20-30分钟，将水箱内部的除垢剂排放掉，还可清除发动机水循环系统中的水垢等有害的物质。